Pada awalnya, sebelum dikukuhkan oleh SK Rektor, Satuan Audit Internal UGM masih bernama Tim Audit Internal dan hanya memiliki beberapa orang auditor. Dalam Strukturnya Tim Audit masih berada di bawah Pembantu Rektor II, yang pada saat itu tugasnya adalah melakukan verifikasi pengadaan aset dan keuangan.
Sejak terbitnya PP No.153/2000 tentang penetapan UGM sebagai Badan Hukum Milik Negara (BHMN), maka tata kelola pengendalian internal di UGM mengalami beberapa perubahan signifikan. Perubahan tersebut adalah dikukuhkannya lembaga pengendalian internal yaitu Satuan Audit Internal (SAI) dan dengan persetujuan Universitas mulai melakukan rekrut beberapa calon auditor.
Dalam PP 153 tahun 2000 pasal 46 disebutkan bahwa: Universitas memiliki auditor internal yang diangkat dan diberhentikan oleh pimpinan.
Penjelasan yang sama tentang SAI dapat ditemukan pada ART UGM pada pasal 1 Tentang Ketentuan umum yaitu: Satuan Audit Internal adalah perangkat Rektor yang bertugas melakukan pengawasan internal.
Hal seperti ini juga dapat dijumpai pada SK Rektor No. 209/P/SK/HT/2004 tentang Satuan Audit Internal.
Ketiga keputusan tersebut merupakan pengukuhan secara legal atas lembaga atau unit audit dan pengendalian internal dalam struktur Universitas
